식민 이주어촌의 흔적과 기억』은 총론, 8장의 사례 연구 및 맺음말로 꾸려져 있다. 총론에서는 식민 이주어촌이 건설되기 전까지 조선의 어장개방 과정을 간략하게 정리·소개하였다. 조선 후기 청나라와 일본이 한반도를 장악하기 위해 각축을 벌일 때 조선은 양국 모두에게 어장을 개방하였다. 청나라와는 조청무역장정을 체결하여 평안도와 황해도 어장을 개방했으며, 일본과는 조일통상장정을 맺어 전라, 경상, 강원 함경 연안을 내어주었다. 이후 조일통어장정으로 일본어민들이 조선의 연안 3해리 이내에서 조업할 수 있게 되어 사실상 조선의 어장은 완전히 개방되었다고 할 수 있다. 반면, 당시 조선의 어업과 해양방어 수준은 아주 조야했다. 어업은 징세를 위한 수단으로 간주되었으며, 해양방어는 청나라 군대에 의지하고 있는 형편이었다. 조선은 정부차원에서 해양방어 자구책을 여러 차례 도모했으나, 당시 조선은 재정적으로 열악했으며 관리들은 무능하고 부패하여 제대로 된 정책을 기획하거나 실행할 수 없는 형편이었다. 이에 더하여 외세(일본)의 방해공작까지 겹쳐져 실질적인 자구책은 마련되지 못했다. 러일전쟁으로 한반도를 장악했던 일본은 육지에 앞서 바다를 먼저 식민지화했다. 해양 식민화를 위해 일본은 한반도의 요충지마다 식민 이주어촌을 건설했다.
한반도 연안과 도서지역 곳곳에 식민 이주어촌이 들어섰지만, 현재까지 온전한 모습으로 남아 있는 곳은 거의 없다. 『식민 이주어촌의 흔적과 기억』에서 분석하고 있는 여덟 곳은 그나마 과거의 흔적을 찾아 볼 수 있는 지역들이다. 이들 지역은 이주어촌 설립 시기는 물론 조사 시점에서도 차이가 있다. 하지만 이런 차이보다는 지리적 근접성을 고려하여 장을 배열하였다. 먼저 동해안에서 남해안 순으로 배치하고, 같은 지역에서는 북쪽을 우선순위에 두었다. 그 결과 포항 구룡포, 울산 방어진, 거제 장승포, 거제 구조라, 통영 도남동, 통영 욕지도, 고흥 나로도, 여수 거문도 순이 되었다. 구룡포와 방어진을 제외한 나머지 지역들은 이주어촌 설립 당시 모두 섬이었다는 공통점이 있다. 또 다른 공통점을 들자면 구조라를 제외하면 이주어촌이 설립될 당시 대부분은 국가 소유였거나 조선인이 많이 거주하지 않았던 외진 곳이었다. 일본 당국이 이런 지역을 이주어촌 조성지로 선택한 것은 조선인과의 마찰이나 충돌을 최소화하려는 의도가 개입한 결과였다. 여기에서 분석하고 있는 식민 이주어촌은 서로 독립적으로 건설되었지만, 어업의 특성상 서로 연계되어 있었으며 그 주요 연결고리는 운반선업자였다. 모든 이주어촌에는 치안을 담당하는 경찰서, 자녀들의 교육기관인 학교, 외부(일본)와의 연락망인 우체국이 있었다. 치안, 교육, 정보는 식민지배의 필수요소였다. 비록 흔적의 형태로 남아 있지만 경찰서, 학교, 우체국을 위시한 이주어촌의 공간 배치는 식민지 경영 및 감시망을 짐작케 하는 요인이었다.
『식민 이주어촌의 흔적과 기억』에서는 맺음말로 결론을 대신하고 있다. 식민 이주어촌이라는 과거의 공간을 분석하면서 기록 및 흔적과 기억을 매개로 삼았다. 일반적으로 기록, 흔적, 기억을 통해 과거를 재현하거나 유추할 수 있기 때문이다. 하지만 많은 경우 기록이 제대로 남아 있지 않다. 또한 남아 있는 기록은 과거를 특정한 시각으로 고정시킬 수 있는 개연성이 있다. 이에 비해 흔적과 기억은 흔적을 읽거나 기억을 구술하는 주체에 따라 달리 표현될 수 있어 그 유연성을 예측할 수 없기에 위험하다. 이런 점을 감안하여 『식민 이주어촌의 흔적과 기억』에서는 먼저 기록을 통해 과거를 탐색하고, 흔적과 기억을 매개로 과거가 현재 어떤 모습으로 인지되고 있는가를 분석하였다. 구체적으로 ‘과거 이곳’의 주체였던 일본인이 ‘현재 이곳’에 거주하는 사람들에게 어떤 의미로 남아 있는지 살펴보았다. 한마디로 ‘우리’와 관계된 과거이지만, 공식적으로 ‘우리 것’으로 수용되지 못했던 그 과거가 일상의 차원에서는 어떻게 처리되고 있는지를 추적 조사한 것이다.