본문내용 바로가기
MD의선택 무료배송 이벤트 소득공제

바이오파이썬으로 만나는 생물정보학 파이썬 프로그래밍을 통해 풀어보는 생명의 구조

한주현 지음 | 비제이퍼블릭 | 2019년 03월 22일 출간

이 책의 다른 상품 정보

  • 정가 : 26,000원
    판매가 : 23,400 [10%↓ 2,600원 할인]
  • 통합포인트 :
    [기본적립] 1,300원 적립 [5% 적립] [추가적립] 5만원 이상 구매 시 2천원 추가적립 안내 [회원혜택] 실버등급 이상, 3만원 이상 구매 시 2~4% 추가적립 안내
  • 추가혜택 : 포인트 안내 도서소득공제 안내 추가혜택 더보기
  • 배송비 : 무료 배송비 안내
  • 배송일정 : 서울특별시 종로구 세종대로 기준 지역변경
    당일배송 지금 주문하면 오늘( 9일,목) 도착 예정 배송일정 안내
  • 바로드림 : 인터넷으로 주문하고 매장에서 직접 수령 안내 바로드림 혜택
    휴일에는 바로드림 픽업으로 더 빨리 받아 보세요. 바로드림 혜택받고 이용하기

이 책의 이벤트 해외주문/바로드림/제휴사주문/업체배송건의 경우 1+1 증정상품이 발송되지 않습니다.

  • 개발자로 입문하기: 일단 이것부터 읽어보자!
    2019.05.31 ~ 2020.12.31
  • 파이썬 도서 전체 목록입니다. 새로운 책을 발견해보세요!
    2016.08.11 ~ 2020.12.31
상품상세정보
ISBN 9791186697818(1186697814)
쪽수 292쪽
크기 172 * 230 * 21 mm /530g 판형알림

책소개

이 책이 속한 분야

이 책의 주제어

실제로 현업에서 사용하는 바이오파이썬 모듈과 100개의 프로그래밍 예제를 통해
생물정보학 파이썬 프로그래밍의 기초를 쌓을 수 있는 도서!

쏟아지는 생물정보 빅데이터를 처리함에 있어 배우기 쉽고 원하는 결과를 신속하게 만들어 낼 수 있는 파이썬은 이 시대의 단연 인기 있는 언어다. 바이오파이썬은 파이썬 라이브러리 중 하나로 유전체 데이터 서열을 읽거나 생물정보 데이터 다루기, NCBI와 같은 웹 정보 가져오기 그리고 생물정보 분석 툴 실행 등의 기능을 할 수 있다.

본 도서에서는 각 장마다 바이오파이썬의 모듈들을 학습할 것이다. 실무에서 뛰고 있는 의생명연구자 및 생물정보학에 관심이 있는 분들이 연구에 즉시 활용할 수 있도록 실제 생물정보 데이터를 가지고 예제와 연습문제를 꾸려보았다. 또한 기초 생물정보학 파이썬 프로그래밍의 실력 향상을 위해 100개 문항의 연습문제도 구성하였다. 각 장의 내용을 학습하고 연습 문항을 해결하다 보면 각종 생물정보 문제를 손쉽게 해결할 수 있으리라 믿어 의심치 않는다.

저자소개

저자 : 한주현

파이썬을 사랑하는 생물정보학자로 현업에서 유전체 데이터 분석 업무를 맡고 있다. 포스트게놈다부처유전체사업 예비 전문가 교육 프로그램에서 파이썬 프로그래밍을 강의하였고, 생물정보학자의 블로그(https://korbillgates.tistory.com)를 운영하며 오프라인 및 온라인에서 생물정보학을 알리기 위해 노력 중이다. 공역서로 <니콜라스 볼커 이야기>가 있다.

목차

서문
저자 소개

섹션 1. 바이오파이썬

1장 바이오파이썬 소개
1.1 바이오파이썬이란
1.2 바이오파이썬으로 할 수 있는 일들
1.3 정리
1.4 연습문제

2장 바이오파이썬 설치
2.1 아나콘다파이썬 설치
2.2 바이오파이썬 설치 여부 확인
2.3 바이오파이썬 설치(윈도우)
2.4 바이오파이썬 설치(맥/리눅스)
2.5 바이오파이썬 버전 업그레이드
2.6 바이오파이썬 삭제
2.7 Jupyter Notebook
2.8 연습문제

3장 생물정보학 파일 포맷 소개
3.1 FASTA/FASTQ
3.2 SAM/BAM
3.3 BED
3.4 VCF
3.5 GenBank
3.6 XML
3.7 JSON
3.8 정리
3.9 연습문제

4장 유전자 서열 다루어보기 : Sequence 객체
4.1 TATA Box란
4.2 객체란
4.3 Sequence 객체 소개
4.4 Sequence 객체 다루기
4.5 Bio.SeqUtils 모듈 활용
4.6 정리
4.7 연습문제

5장 Sequence record 객체
5.1 SeqRecord 객체
5.2 SeqRecord 객체의 속성
5.3 SeqRecord 객체 만들기
5.4 SeqRecord 객체 간 비교하기
5.5 정리
5.6 연습문제

6장 FASTA, FASTQ, GenBank 파일 : Sequence 읽기
6.1 SeqIO 모듈로 Sequence 파일을 읽는 두 가지 방법 - FASTA 파일 읽기
6.2 SeqIO.parse() 메서드로 FASTQ 파일 읽기
6.3 GenBank 파일 읽기
6.4 인터넷을 통한 파일 읽기 : CCR5 유전자와 HIV 저항성
6.5 정리
6.6 연습문제

7장 인간과 다른 동물은 얼마나 다를까? 종 간 차이점의 비밀: Multiple Sequence Alignment
7.1 Multiple Sequence Alignment 준비 과정
7.2 Multiple Sequence Alignment 파일 읽기
7.3 Alignment 다루기
7.4 Alignment 툴 MUSCLE
7.5 WebLogo로 보존 서열 알아보기
7.6 계통수 그려보기
7.7 정리
7.8 연습문제

8장 원인 불명의 환자에서 나온 미지의 종 찾기 : BLAST
8.1 미지의 종 발견
8.2 웹브라우저에서 NCBI BLAST 실행
8.3 바이오파이썬으로 BLAST 실행
8.4 정리
8.5 연습문제

9장 NCBI 데이터베이스
9.1 Entrez
9.2 EFetch: 소아마비를 일으키는 poliovirus 데이터 읽기
9.3 EInfo: Entrez의 데이터베이스 목록
9.4 ESearch : Entrez 데이터베이스를 검색
9.5 정리
9.6 연습문제

10장 단백질의 세계로 : Swiss-Prot과 ExPASy
10.1 Swiss-Prot
10.2 ExPASy
10.3 정리
10.4 연습문제

11장 계통분류학 분석 : Bio.Phylo
11.1 계통분류학
11.2 Newick 포맷 설명
11.3 바이오파이썬 Phylo 모듈
11.4 Phylo 모듈로 계통수 그리기
11.5 정리
11.6 연습문제

12장 시스템생물학 지도 : KEGG
12.1 KEGG란
12.2 해당 과정
12.3 KEGG 객체 파싱
12.4 KEGG API 사용법
12.5 정리
12.6 연습문제

13장 바이오파이썬 활용 연습문제



섹션 2. 생물정보학 파이썬 프로그래밍

1. 프로그래밍 시작
문항 1) Hello, Bioinformatics
문항 2) 변수 사용
문항 3) 연산자 소개
문항 4) if - else 조건문
문항 5) if - elif - else 조건문
문항 6) for문
문항 7) 중첩이 있는 for문
문항 8) while문
문항 9) 함수
문항 10) 함수 - 함수에 값 전달
문항 11) 함수 - 함수에서 값의 반환
문항 12) 함수 - 함수에 값 전달과 반환값 받기
문항 13) 하드코딩 피하기, 사용자로부터 값 받기
문항 14) 사용자로부터 값 받기 활용
문항 15) 커맨드라인에서 인수 입력받기
문항 16) 파일 읽기
문항 17) 파일 쓰기
문항 18) 주석 달기
문항 19) 예외 처리하기 - 디버깅
문항 20) 예외 처리하기 - 여러 오류들 처리하기

2. 자료형 다루기
2.1 문자열
문항 21) 문자열 더하기
문항 22) 문자열 반복하여 더하기
문항 23) 문자열에서 n번째 문자 출력하기
문항 24) 문자열 슬라이싱
문항 25) 문자열 길이 구하기
문항 26) 문자열 대소문자 변환하기
문항 27) 문자열 n씩 건너뛰며 출력하기
문항 28) 문자열을 n개씩 나누어 출력하기
문항 29) 문자열 순서를 거꾸로 뒤집어 출력하기
문항 30) 문자열 바꾸기
문항 31) 역상보 서열(reverse complement sequence) 만들기
문항 32) 문자열에서 특정 문자가 있는지 확인하기
문항 33) 문자열에서 특정 문자의 index 번호 출력하기
문항 34) 문자열에서 특정 문자 개수 세기
문항 35) 문자열에서 특정 문자를 다른 문자로 교체하기
문항 36) 문자열에서 단어 개수 세기

2.2 숫자
문항 37) 주어진 수의 제곱근 구하기
문항 38) 주어진 수의 절댓값 구하기
문항 39) 주어진 수의 로그값 구하기
문항 40) 주어진 수의 자연로그값 구하기
문항 41) 밑이 다른 로그값 구하기
문항 42) 주어진 수의 반올림값 구하기 - 실수
문항 43) 주어진 수의 반올림값 구하기 - 정수
문항 44) 난수 만들기
문항 45) 로또 번호 생성기
문항 46) 문자열에서 숫자만 골라내기

2.3 리스트
문항 47) 리스트 길이 구하기
문항 48) 리스트의 n번째 출력하기
문항 49) 리스트 슬라이싱하기
문항 50) 리스트를 건너뛰며 슬라이싱하기
문항 51) 리스트를 거꾸로 뒤집기
문항 52) 리스트 오름차순 정렬하기
문항 53) 리스트 내림차순 정렬하기
문항 54) 리스트에 요소 추가하기
문항 55) 리스트의 특정 위치에 요소 추가하기
문항 56) 리스트 요소 제거하기
문항 57) 리스트의 특정 요소 개수 세기
문항 58) 리스트 내부의 최댓값 구하기
문항 59) 리스트 내부의 최솟값 구하기
문항 60) 리스트 내부의 모든 요소 합 구하기
문항 61) 리스트 내부의 모든 요소 평균 구하기
문항 62) 문자열의 특정 구분자를 기준으로 리스트 만들기
문항 63) 리스트를 특정 구분자 기준으로 문자열 만들기
문항 64) 리스트 섞기

2.4 사전
문항 65) 파이썬 사전 형태 알아보기
문항 66) 사전 만들기
문항 67) 사전에서 요소 제거하기
문항 68) 사전에 키값이 있는지 확인하기
문항 69) 사전을 이용하여 아미노산 서열의 종류 개수 세기
문항 70) 사전 키 출력하기
문항 71) 사전 값 출력하기
문항 72) 사전 키-값 모두 출력하기
문항 73) 사전 값을 기준으로 정렬하기

2.5 세트
문항 74) 세트 만들기
문항 75) 세트 합집합 구하기
문항 76) 세트 교집합 구하기
문항 77) 세트 여집합 구하기

2.6 튜플
문항 78) 튜플 만들기
문항 79) 튜플의 특성

3. 클래스
문항 80) 객체 만드기
문항 81) 객체의 속성
문항 82) 객체의 메서드
문항 83) 객체의 생성자 (__init__)
문항 84) 객체의 소멸자 (__del__)
문항 85) 객체의 덧셈 (__add__)
문항 86) 객체의 비교 (__gt__)

4. 알고리즘 소개
문항 87) 재귀 알고리즘 구현하기
문항 88) 동적계획법 구현하기
문항 89) 알고리즘 활용 - kmer 만들기
문항 90) 알고리즘 활용 - Palindrome 찾기

5. 생물정보학 파일 다루기
5.1 FASTA
문항 91) FASTA 파일에서 염기 개수 세기
문항 92) FASTA 파일에서 레코드 개수 세기

5.2 VCF
문항 93) VCF 파일 소개 - VCF 파일에서 header와 data 분리하기
문항 94) VCF 파일에서 샘플 개수 세기
문항 95) VCF 파일에서 Filter열 PASS만 골라내기
문항 96) VCF 파일에서 변이 개수 세기
문항 97) VCF 파일에서 SNP, InDel 개수 세기
문항 98) VCF파일에서 dbSNP에 발견된 변이 개수 구하기
문항 99) VCF파일에서 Ts/Tv 비율 구하기

5.3 BED
문항 100) BED 파일이 담고 있는 전체 영역 구하기

찾아보기

출판사 서평

이 책의 특징
ㆍ 실제 생물정보학 예제를 활용한 바이오파이썬 모듈의 학습
ㆍ 실전과 같은 예제와 연습 문항으로 즉시 현업에 활용 가능
ㆍ 100개의 파이썬 문항으로 기초 생물정보학 프로그래밍 연습

이 책이 필요한 독자
ㆍ 바이오파이썬으로 생물정보학을 배우고 싶은 의생명연구자
ㆍ 파이썬으로 생물정보학 데이터를 다루고 싶은 개발자
ㆍ 실제 코딩 문제를 해결하며 생물정보학 파이썬 프로그래밍 실력을 올리고 싶은 학습자

[소스코드 다운로드 ]
https://github.com/bjpublic/biopytho... 더보기

북로그 리뷰 (0) 쓰러가기

도서 구매 후 리뷰를 작성하시면 통합포인트를 드립니다.
결제 90일 이내 작성 시 300원 / 발송 후 5일 이내 작성시 400원 / 이 상품의 첫 리뷰 작성 시 500원
(포인트는 작성 후 다음 날 적립되며, 도서 발송 전 작성 시에는 발송 후 익일에 적립됩니다.
외서/eBook/음반/DVD/GIFT 및 잡지 상품 제외)
안내
  • 해당도서의 리뷰가 없습니다.

Klover 평점/리뷰 (0)

문장수집 (0) 문장수집 쓰기 나의 독서기록 보기
※구매도서의 문장수집을 기록하면 통합포인트 적립 안내

교환/반품/품절안내

※ 상품 설명에 반품/교환 관련한 안내가 있는 경우 그 내용을 우선으로 합니다. (업체 사정에 따라 달라질 수 있습니다.)

교환/반품/품절안내
반품/교환방법 마이룸 > 주문관리 > 주문/배송내역 > 주문조회 > 반품/교환신청 ,
[1:1상담>반품/교환/환불] 또는 고객센터 (1544-1900)

※ 오픈마켓, 해외배송주문, 기프트 주문시 [1:1상담>반품/교환/환불]
    또는 고객센터 (1544-1900)
반품/교환가능 기간 변심반품의 경우 수령 후 7일 이내,
상품의 결함 및 계약내용과 다를 경우 문제점 발견 후 30일 이내
반품/교환비용 변심 혹은 구매착오로 인한 반품/교환은 반송료 고객 부담
반품/교환 불가 사유
  • 소비자의 책임 있는 사유로 상품 등이 손실 또는 훼손된 경우
    (단지 확인을 위한 포장 훼손은 제외)
  • 소비자의 사용, 포장 개봉에 의해 상품 등의 가치가 현저히 감소한 경우
    예) 화장품, 식품, 가전제품(악세서리 포함) 등
  • 복제가 가능한 상품 등의 포장을 훼손한 경우
    예) 음반/DVD/비디오, 소프트웨어, 만화책, 잡지, 영상 화보집
  • 소비자의 요청에 따라 개별적으로 주문 제작되는 상품의 경우 ((1)해외주문도서)
  • 디지털 컨텐츠인 eBook, 오디오북 등을 1회 이상 다운로드를 받았을 경우
  • 시간의 경과에 의해 재판매가 곤란한 정도로 가치가 현저히 감소한 경우
  • 전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률이 정하는 소비자 청약철회 제한 내용에
    해당되는 경우
(1) 해외주문도서 : 이용자의 요청에 의한 개인주문상품으로 단순변심 및 착오로 인한 취소/교환/반품 시 ‘해외주문 반품/취소 수수료’ 고객 부담 (해외주문 반품/취소 수수료 : ①양서-판매정가의 12%, ②일서-판매정가의 7%를 적용)
상품 품절 공급사(출판사) 재고 사정에 의해 품절/지연될 수 있으며, 품절 시 관련 사항에 대해서는
이메일과 문자로 안내드리겠습니다.
소비자 피해보상
환불지연에 따른 배상
  • 상품의 불량에 의한 교환, A/S, 환불, 품질보증 및 피해보상 등에 관한 사항은
    소비자분쟁해결 기준 (공정거래위원회 고시)에 준하여 처리됨
  • 대금 환불 및 환불지연에 따른 배상금 지급 조건, 절차 등은 전자상거래 등에서의
    소비자 보호에 관한 법률에 따라 처리함

이 분야의 베스트

  • 김정준
    29,700원
  • 윤인성
    16,200원
  • 찰스 펫졸드
    22,500원
  • 조블리(조애리)
    20,700원
  • 길벗R&D
    12,600원
더보기+

이 분야의 신간

더보기+

바로가기

  • 우측 확장형 배너 2
  • 우측 확장형 배너 2

최근 본 상품